石河子市拥有以下大学：
石河子大学
主管部门：新疆生产建设兵团
办学层次：本科
备注：国家“211工程”重点大学，国家“双一流”世界一流学科建设高校。
石河子大学科技学院
主管部门：新疆自治区教育厅
办学层次：本科
备注：民办高校。
新疆石河子职业技术学院
主管部门：新疆生产建设兵团
办学层次：专科
备注：国家示范性高等职业院校，国家高技能人才培养示范基地。
石河子工程职业技术学院
主管部门：新疆生产建设兵团教育局
办学层次：专科
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