职业大学和三本院校在多个方面存在区别，主要包括学历层次、教育重点和社会认可度。
学历层次
三本院校：指经教育部批准设立的独立学院、民办本科高校等，属于本科层次。本科学历对考生今后的深造和发展比较有利，三本院校的合格毕业生能直接考研，招录公务员时大部分单位也要求具有本科及以上学历。
高职院校：属于专科层次，大多有悠久的办学历史，与一些行业有密切的关系，专业优势比较明显。高职院校一般根据市场需求办学，专业设置和人才培养随劳动力市场的变化而不断调整和优化，更注重学生实践能力的培养，更看重将来的就业。
教育重点
三本院校：本科教育更注意理论应用，虽然一些独立学院由于有母体院校的支持，再加上自身的建设，正逐步形成自己的办学特点，但整体上三本院校办学时间一般较短。
高职院校：专科教育则更注重技能培养，学生经过在校培养可具备直接适应岗位工作的能力，而依托行业办学、实行“订单式”人才培养模式也是不少高职院校培养人才的特色。
社会认可度
三本院校：虽然三本院校办学时间一般较短，但由于其本科学历，在求职和升学方面仍具有一定的优势。然而，由于三本院校收费较高，且部分专业设置较为冷门，社会对其认可度存在一定的差异。
高职院校：高职院校毕业生在就业市场上具有较强的实用性，特别是一些与行业紧密相关的专业，就业率较高。虽然社会对专科的歧视仍然存在，但随着职业教育的发展，高职院校的社会认可度逐渐提高。
其他区别
学费：三本院校的学费普遍较高，一些独立学院由于有母体院校的支持，再加上自身的建设，正逐步形成自己的办学特点。相比之下，高职院校的收费较低。
学位：三本院校毕业生可获得学士学位证书，而高职院校毕业生通常只有毕业证书，没有学位证书。
建议
选择院校：考生在选择院校时，应根据自己的兴趣、职业规划及家庭经济情况综合考虑。如果希望继续深造或从事需要较高理论水平的工作，三本院校可能是更好的选择。如果注重实际操作能力和就业前景，高职院校可能更为合适。
职业规划：无论选择何种类型的院校，都应提前做好职业规划，了解所学专业的就业方向和市场需求，以便更好地适应未来的职业发展。