根据《公务员录用体检通用标准（试行）》的规定，以下疾病在公务员体检中通常会被判定为不合格：
器质性心脏病：
包括风湿性心脏病、心肌病、冠心病、先天性心脏病等。这些疾病会严重影响患者的心脏功能，难以胜任公务员工作的压力和要求。
血液系统疾病：
如白血病、贫血等。这些疾病可能导致身体虚弱、易疲劳等症状，无法胜任公务员的工作强度。
呼吸系统疾病：
包括慢性支气管炎伴阻塞性肺气肿、支气管扩张、支气管哮喘等。这些疾病会对患者的呼吸功能造成严重影响，难以适应公务员工作中可能面临的各种环境和压力。
肝脏、肾脏及内分泌系统疾病：
如急慢性肝炎及肝硬化、肾炎、肾功能不全、糖尿病、尿崩症、肢端肥大症等。这些疾病会影响患者的身体健康，因此被列为公务员体检的不合格因素。
传染性疾病：
如淋病、梅毒、软下疳、性病性淋巴肉芽肿、尖锐湿疣、生殖器疱疹、艾滋病等。这些疾病具有传染性，可能对周围人群造成危害，因此患有这些疾病的人员也无法通过公务员体检。
恶性肿瘤：
包括各种癌症和肉瘤等。恶性肿瘤对患者的身体健康影响极大，因此不合格。
此外，还有一些其他疾病如癫痫病史、精神病史、癔病史、夜游症、严重的神经官能症、精神活性物质滥用和依赖者等，以及影响正常履行职责的其他严重疾病，也会被判定为不合格。
需要注意的是，具体体检标准可能会根据不同的职位和特殊情况有所调整。建议在报考公务员前，仔细阅读相关体检要求，并进行充分的准备和咨询。