清朝时期建立的大学主要包括以下几所：
京师大学堂 （北京大学前身）：成立于1898年，是中国近代第一所国立大学，标志着中国近代国立高等教育的开端。北洋大学
（天津大学前身）：成立于1895年，是中国第一所现代化大学，前身为北洋西学学堂。
南洋公学（上海交通大学前身）：成立于1896年，是中国近代第一所私立大学，以培养实业人才为主。后经过多次更名，最终分为上海交通大学和西安交通大学。
东南大学：
成立于庚子赔款后，利用赔款资金建立。
山西大学：
成立于1902年，与国立北京大学和国立北洋大学并称为中国最早的三所大学堂之一。
清华大学：
其前身为清华学堂，成立于1911年，是利用美国退还的庚子赔款建立的留美预备学校，1928年更名为国立清华大学，1949年改名为清华大学。
辅仁大学：
成立于1921年，是一所由罗马教廷管理的教会大学。
武汉大学：
可以追溯到清朝末期1893年湖广总督张之洞请清政府创办的自强学堂，1913年由国民政府建立国立武昌高等师范学校，于1928年定名为国立武汉大学。
福建船政学堂：
成立于1866年，是专门为福建船政培训人才的海军学院，后发展成为福建船政学堂。
岭南大学：
前身为格致书院，创办于1888年，1918年定名岭南大学，是一所教会大学。
这些大学在中国高等教育史上具有重要地位，不仅推动了教育模式的变革，还培养了大量杰出人才，对中国的现代化进程产生了深远影响。