新疆职业大学的毕业证书是 国家认可的。新疆职业大学是综合性高等职业院校，被原国家教委批准为全国首批高职教育试点院校，是自治区示范性高职院校、国家高技能人才培训基地、中德汽车机电职业教育项目（SGAVE）学校、国家教育部首批百所现代学徒制试点单位。
毕业证书和学位证书都是可以在学信网可查的，这意味着它们在国内具有广泛的认可度。虽然某些外地单位可能不太了解或认可新疆职业大学的毕业证书，但这并不代表证书本身没有价值。如果个人在求职过程中遇到不被认可的情况，可以通过继续深造或在专业技术上提升自己来增加竞争力。
综上所述，新疆职业大学的毕业证书在国家和教育层面上是被认可的，具有合法有效性，可以作为求职的凭证。