1. 复旦大学
2. 同济大学
3. 西交利物浦大学
4. 上海纽约大学
5. 昆山杜克大学
6. 天津科技大学
7. 大连理工大学
8. 福建师范大学
9. 清华大学
10. 北京大学
11. 上海外国语大学
12. 广东医科大学
13. 东华大学
14. 上海立信会计金融学院
15. 上海音乐学院
16. 鲁迅美术学院
17. 杭州电子科技大学（与日本山梨大学合作）
18. 南京理工大学（与福冈大学合作）
19. 上海大学（与早稻田大学等合作）
20. 日本大学（与包括清华大学、北京大学、上海外国语大学等在内的多所大学有海外学术交流活动）
特别地，上海大学与日本的多所大学有医学领域的交流合作，例如与日本医科大学和冈山大学联合举办了医学交流日暨论坛。