在抗日战争期间，日军占领了一些著名的高等学府，以下是其中一些被占领的大学：
南开大学：
1937年，南开大学遭到日军的炮击和轰炸，成为中国全民族抗战爆发后首所被日军摧毁的高等学府。
北京大学：
在抗日战争期间，北京大学被迫南迁，与清华大学、南开大学一起组成国立西南联合大学。
清华大学：
清华大学在1937至1946年间，经历了从北平（现北京）南迁至长沙、昆明，与北大、南开合组西南联合大学的过程。
武汉大学：
1938年，日军侵占武汉后，占领了武汉大学，并将其变为军事指挥中心。
东北大学：
东北大学在抗日战争中与祖国同命运，是东北地区的重要高等教育机构之一。
这些大学在日军占领期间，经历了不同程度的破坏和改变，部分学校被迫南迁，部分则直接被日军占用并改作他用。这些事件对中国的教育界和学术界造成了深远的影响。