吉首大学提供多个学科门类的专业，覆盖以下12大学科门类：
1. 经济学
2. 金融工程
3. 国际经济与贸易
4. 法学
5. 思想政治教育
6. 学前教育
7. 小学教育
8. 体育教育
9. 武术与民族传统体育
10. 汉语言文学
11. 英语
12. 日语
13. 翻译
14. 商务英语
15. 新闻学
16. 信息与计算科学
17. 统计学
18. 经济统计学
19. 电子信息科学与技术
20. 机械设计制造及其自动化
21. 材料科学与工程
22. 食品科学与工程
23. 应用化学
24. 通信工程
25. 网络工程
吉首大学还有国家级特色专业、省级特色专业以及省级重点专业等，具体包括音乐学、生物科学、工商管理、新闻学、体育教育、舞蹈学、食品科学与工程、生物科学、工商管理、市场营销等。
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