东京地区的小众大学包括：
东京学艺大学：
专注于师范教育，与北京师范大学互为姊妹校。
东京农工大学：
以科学研究为主，专注于农学和工学研究。
东京海洋大学：
培养海洋相关专业人才，配备出海船供学生实习。
御茶水女子大学：
以女性高等教育著称，强调少人数精英化教育。
一桥大学：
社会科学领域强校，学生人数少，校园距新宿市中心近。
国际基督教大学（ICU）：
注重少人数教育和英语教育，采用讨论型授课方式。
武藏大学：
提供多样的研讨会，以锻炼自主性和领导力著称。
产业能率大学：
以实用教育和企业合作课程为特色。
都留文科大学：
专注于文科教育，培养教师。
国际教养大学：
位于日本秋田县，超级国际化大学计划成员校之一。
这些大学各有特色和优势专业，虽然可能在知名度上不如一些大型综合性大学，但在特定领域有着较高的教学和研究水平