安徽亳州的公办大学排名如下：
亳州学院
亳州学院是国家教育部批准设置的公办普通本科高校，坐落于“国家历史文化名城”､全国“四大药都”之首——安徽亳州。亳州学院文脉悠长，人文荟萃，具有3700多年历史的亳州成为彪炳史册､泽被中华的道家文化､中医药文化的发祥地。学校办学始于1909年创办的蒙城师资讲习所，1952年设置蒙城师范学校，2002年3月经国家教育部批准，独立升格为亳州师范高等专科学校。2016年3月经国家教育部批准，独立升格为亳州学院。
亳州职业技术学院
亳州职业技术学院（Bozhou Vocational and Technical College）坐落于安徽省亳州市，是全日制公办普通高等职业院校。学院于2003年6月由安徽教育学院亳州教学点､合肥工业大学亳州教学点和亳州工业学校组建而成。亳州职业技术学院是中华全国总工会“职工教育培训示范点”､安徽省中药天然药专业委员会主任委员单位､安徽省中医药现代化研究会中药分会会长单位､安徽省亳文化研究会研究基地。
综上所述，亳州学院在亳州公办大学中排名第一，亳州职业技术学院排名第二。