南通大学的王牌专业包括：
国家级一流本科专业：
学前教育、生物科学、应用心理学、交通设备与控制工程、行政管理、视觉传达设计等。
省级一流本科专业：
历史学、物理学、电子科学与技术、医学影像学、口腔医学、药学、会计学、翻译、化学、地理信息科学、应用统计学、测控技术与仪器、软件工程、音乐学、工程管理等。
国家级特色专业：
临床医学、电气工程及其自动化、英语、汉语言文学、预防医学等。
省级品牌专业：
临床医学、电子信息工程、电气工程及其自动化、小学教育、汉语言文学等。
其他王牌专业：
机械工程及自动化、体育教育、非织造材料与工程、护理学、计算机科学与技术等。
特别地，医学院的临床医学和基础医学专业尤为突出，拥有院士坐镇，是该校的强项之一。