日本禅学相关的大学包括：
高野山大学- 禅学部，主要学习佛教文化，学生可以选择成为和尚，但这不是必须的。学生通常需要经过两年的学习，并在春假和暑假期间到寺庙进行修行。
三重大学- 忍者专业，虽然以忍者著称，但也提供与禅学相关的课程和研究。
龙谷大学- 著名的佛教学研究机构，有“佛学东大”之称，在佛教学领域享有盛誉。
驹泽大学- 曹洞宗的僧侣研修机构发展而来，是日本佛教界的重要大学之一，以佛教学科为核心。
京都精华大学- 日本国内第一个设立漫画学部的大学，虽然以漫画著名，但也提供禅学研究。
佛教大学- 位于京都，属于净土宗派，以念佛为中心教义，并设有佛教学部。
这些大学提供了禅学以及与之相关的佛教文化、哲学等方面的研究和教育。