日本大学中，被民间类比于中国的“985”工程，即顶尖的研究型综合大学的计划，被称为“RU11”计划。以下是根据“RU11”计划划分的一些日本顶尖大学：
S级（国际超一流大学）
东京大学
京都大学
A级（国际一流大学）
大阪大学
东北大学
名古屋大学
九州大学
北海道大学
早稻田大学
庆应义塾大学
其他被广泛认为属于日本顶尖的大学
神户大学
东京工业大学
筑波大学
横滨国立大学
千叶大学
东京都立大学
京都工艺纤维大学
电气通信大学
名古屋工业大学
金泽大学
冈山大学
广岛大学
明治大学
青山学院大学
立教大学
中央大学
法政大学
关西大学
关西学院大学
同志社大学
这些大学在日本及国际上都有很高的声誉，被认为是日本高等教育的重要组成部分。