昆明地区有几所著名的医学高等教育机构，以下是其中几所：
昆明医科大学
成立于1933年，前身为东陆大学医学专修科。
1956年独立建院，1981年成为硕士学位授予单位，1998年成为博士学位授予单位。
2010年云南医学高等专科学校并入，2012年更名为昆明医科大学。
设有18个学院，35个本科专业，其中包括10个国家一流专业。
在临床医学、药理学与毒理学、神经科学与行为学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学等学科进入ESI全球排名前1%。
是国内开展法语医学教育的4所院校之一。
云南中医药大学
位于昆明市，是云南省唯一的中医药高等院校。
成立于1960年，是以中医药为主，中西医、教育、科研、医疗服务协调发展的综合性中医药大学。
昆明医科大学海源学院
是昆明医科大学的一个学院。
昆明地区还有其他医学教育机构，如昆明卫生职业学院和云南医药健康职业学院，但上述三所是较为突出的高等教育机构。