马来亚大学与以下大学有合作关系：
1. 澳大利亚的墨尔本大学、悉尼大学等；
2. 加拿大的麦吉尔大学、渥太华大学等；
3. 中国的北京外国语大学、清华大学等；
4. 丹麦、芬兰、法国、德国、爱尔兰、日本、英国、美国等国家的多所顶尖大学；
5. 亚洲大学联盟、环太平洋大学联盟、“21世纪海上丝绸之路”大学联盟、英联邦大学协会成员中的美国加州理工学院、北京大学、清华大学、悉尼大学、东京大学、香港大学等环太平洋地区的顶尖名校；
6. 云南大学（2024年5月24日达成合作共识）；
7. 湖南外国语职业学院（通过马来亚大学孔子学院进行交流拜访）。
这些合作关系涵盖了多个学科领域和合作模式，包括联合研究、学生交流、教师互访等多种形式。