日本大学在环境保护方面的排名如下：
二氧化碳减排率排名
1. 学习院女子大学（含学习院女子初高中）
2. 十文字学园女子大学·短期大学
3. 日本工业大学（宫代校区）
4. 东京都市大学（横滨校区）
5. 神户市外国语大学
自然资源利用率排名
1. 日本工业大学（宫代校区）
2. 高知县立大学（永国寺校区）
3. 武藏野大学（武藏野校区）
4. 爱知教育大学
5. 高崎经济大学
资源循环利用排名
1. 立命馆大学
2. 大阪府立大学
3. 东洋英和女学院
4. 早稻田大学
5. 驹泽大学（驹泽校区）
4. 下关市立大学
环境科学专业排名
东京大学环境科学专业：日本第一所国立综合性大学，享有全球高声誉。
京都大学环境科学专业：历史悠久，学术水平高，提供环境学课程。
大阪大学环境科学专业：公立大学，研究方向广泛，包括环境科学。
北海道大学环境科学专业：拥有著名的农学、地理学和环境学研究中心。
以上排名基于最近的信息更新，具体排名可能会根据不同的评价标准和时间有所变化。