新疆师范大学与以下大学有交流：
1. 北京师范大学
2. 东北师范大学
3. 华中师范大学
4. 南开大学
5. 厦门大学
6. 吉林大学
7. 中央民族大学
8. 中央音乐学院
9. 中央美术学院
10. 华东理工大学
11. 天津师范大学
12. 首都师范大学
13. 上海交通大学
14. 华中科技大学
15. 华东师范大学
16. 中国科学技术大学
17. 俄罗斯、日本及港澳台等国的20多所高校
18. 塔吉克斯坦民族大学
19. 日本千叶大学
20. 台湾屏东大学
21. 台湾中国文化大学
22. 台湾屏东教育大学
23. 台湾东南科技大学
24. 澳门旅游学院
25. 台湾高雄师范大学
26. 台湾中原大学
27. 合肥工业大学
28. 新疆农业大学
新疆师范大学通过与这些大学的合作，在教师队伍建设、学科建设、教学管理和科研学术方面得到了帮助和提高