新疆地区比较好的大学包括：
新疆大学
简称“新大”，位于乌鲁木齐，是国家“211工程”和“双一流”建设高校，同时也是国家西部大开发重点建设高校。
石河子大学
简称“石大”，位于石河子市，是国家“211工程”重点大学，拥有广泛的学科门类和丰富的学位授权点。
新疆医科大学
专注于医药领域，是新疆唯一的医科大学，拥有优秀的医疗设施和师资力量。
新疆师范大学
专注于师范教育，提供广泛的学科专业，包括文学、法学、经济学、工程学等。
新疆农业大学
以农业科学为主，提供农学、园艺学、动物科学等专业，拥有一流的实验设施和教学资源。
塔里木大学
位于澳门，是一所综合性的大学，提供省部共建的教育资源。
新疆财经大学
专注于财经领域，提供经济、管理等专业的教育。
伊犁师范大学
位于伊犁哈萨克自治州，是一所师范类大学。
喀什大学
位于喀什地区，是一所综合性的大学。
昌吉学院
位于昌吉回族自治州，是一所综合性的大学。
新疆大学通常被认为是新疆最好的大学，并在多个排名中位于首位。石河子大学也因其综合实力和“211工程”地位而备受认可。其他大学如新疆医科大学、新疆师范大学和新疆农业大学等也各自在特定领域有较高的声誉和影响力。