安徽工程大学最好的专业是 机械设计制造及其自动化。此外，计算机科学与技术、材料成型及控制工程、软件工程、纺织工程、食品科学与工程、环境设计、应用化学、金融工程、统计学等专业也被认为是安徽工程大学的好专业。
这些专业中，机械设计制造及其自动化专业是国家级特色专业建设点，同时也被评为省级一流本科专业。自动化专业也是国家级特色专业建设点和国家级专业综合改革试点专业。
因此，建议有意报考安徽工程大学的学生优先考虑机械设计制造及其自动化、计算机科学与技术、材料成型及控制工程、软件工程、纺织工程、食品科学与工程、环境设计、应用化学、金融工程、统计学等专业。