哈尔滨工程大学最好的专业包括船舶与海洋工程、控制科学与工程、能源与动力工程、轮机工程、自动化、水声工程、计算机科学与技术、机械设计制造及其自动化、电子信息工程、工商管理、核工程与核技术、光电信息科学与工程等。这些专业被广泛认为是最优秀的，并且拥有国家级一流本科专业建设点、国家特色专业、"双一流"学科等荣誉。
具体来说，船舶与海洋工程是哈尔滨工程大学的王牌专业，具有强大的学科实力和丰富的教学经验，承担和参与了众多海军装备的研发。计算机科学与技术专业也是学校的王牌专业之一，拥有悠久的历史和强大的师资力量。