根据提供的信息，东南大学和扬州大学的排名在不同时间有不同的表现。以下是根据最新信息整理的排名对比：
东南大学：
2024年排名情况：全国第15名，江苏省内排名第2。
历史和背景：985工程、211工程重点建设高校，双一流建设高校，在工科、理科等多个领域享有盛誉。
扬州大学：
2024年排名情况：全国第86名，江苏省内排名第7（根据《校友会2024江苏省最好大学排名》）。
历史和背景：全国首批博士、硕士学位授予单位，兽医学、化学、畜牧学、作物学等是王牌学科。
从这些信息来看，东南大学的排名高于扬州大学。