北京体育大学设有多个院系，主要包括以下几个学部及其下属的学院：
体育与健康学部
教育学院（体育师范学院）
心理学院
其他学院（具体名称未提及）
人文社科学部
马克思主义学院
管理学院
其他学院（具体名称未提及）
奥林匹克运动学部
中国足球运动学院（中国足球教练员学院）
中国篮球运动学院
中国排球运动学院
中国田径运动学院
中国游泳运动学院
中国冰上运动学院
中国雪上运动学院
其他学院（具体名称未提及）
体育工程学部
体育工程学院
此外，北京体育大学还有研究生院系，包括：
体育人文社会科学研究院
体育科学研究院
体育教育研究院
运动生物力学研究院
运动训练研究院
体育休闲与艺术研究院
体育社会体育研究院
健康与运动医学研究院
体育经济与管理研究院
体育心理与教练研究院
竞技运动研究院
体育传媒与新闻研究院
体育技术与工程研究院
体育创意设计研究院
体育产业管理研究院
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