吉首大学拥有多个硕士专业，涵盖哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、管理学等多个学科门类。具体硕士专业如下：
哲学
马克思主义哲学
中国哲学
外国哲学
逻辑学
伦理学
美学
宗教学
科学技术哲学
应用经济学
国民经济学
区域经济学
财政学（含∶税收学）
金融学（含∶保险学）
产业经济学
国际贸易学
劳动经济学
统计学
数量经济学
国防经济
民族学
民族学
马克思主义民族理论与政策
中国少数民族经济
中国少数民族史
中国少数民族艺术
马克思主义理论
马克思主义基本原理
马克思主义发展史
马克思主义中国化研究
国外马克思主义研究
思想政治教育
中国近现代史基本问题研究
体育学
体育人文社会学
运动人体科学（可授教育学、理学、医学学位）
体育教育训练学
民族传统体育学
中国语言文学
文艺学
语言学及应用语言学
汉语言文字学
中国古典文献学
中国古代文学
中国现当代文学
中国少数民族语言文学（分语族）
比较文学与世界文学
中国史
历史地理学
历史文献学
史学理论及中国史学史
中国古代史
中国近代史
中国现代史
专门史
数学
基础数学
计算数学
概率论与数理统计
应用数学
运筹学与控制论
物理学
理论物理
粒子物理与原子核物理
原子与分子物理
等离子体物理
凝聚态物理
声学
光学
无线电物理
生物学
植物学
动物学
生理学
水生生物学
微生物学
神经生物学
遗传学
发育生物学
细胞生物学
生物化学与分子生物学
生物物理学
生态学
本一级学科不分设二级学科
统计学
本一级学科不分设二级学科
林业工程
森林工程
木材科学与技术
林产化学加工工程
工商管理学
会计学
企业管理（含：财务管理、市场营销、人力资源管理）
旅游管理
技术经济及管理
化学
无机化学
分析化学
有机化学
物理化学（含∶化学物理）
高分子化学与物理
翻译硕士
英汉口译
英汉笔译
法律硕士
法律（非法学）
法律（法学）
这些专业为吉首大学在多个学科领域提供了研究生教育，涵盖了从本科到硕士的完整学术体系。建议学生在选择专业时，可以综合考虑自己的兴趣和职业规划，选择最适合自己的发展方向。