旧金山的知名大学包括：
加州大学旧金山分校 （UCSF）
公立大学，位于旧金山，以医学研究著称，拥有强大的师资力量和诺贝尔奖获得者。
斯坦福大学 （Stanford University）
私立大学，位于旧金山湾区南部的帕罗奥多市，临近硅谷，是著名的私立研究型大学。
旧金山大学 （University of San Francisco, USF）
公立大学，成立于1855年，位于旧金山市，是旧金山地区最古老的大学。
旧金山州立大学 （San Francisco State University, SFSU）
公立大学，隶属于加州州立大学系统，位于南湾硅谷地区，提供多样的本科和研究生课程。
旧金山艺术大学 （San Francisco Art Institute, SFAI）
私立大学，专注于艺术领域，拥有优秀的视觉艺术学院和与音乐、表演、新媒体相关的学科。
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