在重庆，以下高校拥有研究院：
重庆交通大学：
已启动建设前沿技术交叉研究院。
重庆大学：
已启动建设前沿技术交叉研究院。
重庆理工大学：
与博众城市发展管理研究院联合举办数智管理MBA培训项目。
重庆市教育科学研究院：
举行建院40周年发展大会，展示了其在教研科研和智库建设方面的成就。
重庆中国药科大学创新研究院：
由中国药科大学和重庆两江新区管理委员会共同创办，位于重庆两江协同创新区。
电子科技大学重庆微电子产业技术研究院：
由电子科技大学与重庆企业合作建立。
西安电子科技大学重庆集成电路创新研究院：
由西安电子科技大学与重庆企业合作建立。
中国科学院重庆绿色智能技术研究院：
由中国科学院、原国务院三峡办、重庆市人民政府三方共建。
重庆社会科学院：
是全市重要的马克思主义理论阵地和市委市政府的“思想库”和“智囊团”。
西南大学（重庆）产业技术研究院：
由西南大学与北碚区人民政府共建。
这些研究院涵盖了不同的研究领域，包括交通技术、城市管理、教育科学、药物研发、微电子、集成电路、绿色智能技术等，为重庆市乃至全国的技术创新和高质量发展提供了重要支持。