崖州区拥有多所知名大学，其中包括但不限于以下几所：
海南大学：
海南省人民政府直属的综合性大学，涵盖多个学科门类。
三亚学院：
由海南省政府和三亚市政府共同举办的全日制普通本科院校，以应用型学科为主。
海南热带海洋学院：
以热带海洋学科为特色，培养高级专门人才。
海南医学院：
以医学教育和研究为主，培养医学、药学等领域人才。
三亚航空旅游职业学院：
以航空旅游专业为主，培养技术应用型人才。
中国地质大学（北京）海南研究院：
开展高层次人才培养、高水平科学研究和科技成果转化。
此外，崖州区还与多所高校签订了省校合作协议，如上海交通大学、中国农业大学、中国海洋大学等。