日本的大学联盟包括以下几种：
学术研究恳谈会（RU11）
由11所专注于科学研究和培养高水平人才的日本顶尖国立和私立研究型大学组成，包括东京大学、京都大学、庆应义塾大学、早稻田大学、大阪大学、东北大学、名古屋大学、北海道大学、九州大学、筑波大学和东京工业大学。
八大学工学系联合会
由日本国内在工学和工程技术方面顶尖的八所著名高校组成，包括北海道大学、东北大学、东京大学、东京工业大学、名古屋大学、京都大学、大阪大学和九州大学。
超级国际化大学计划
由日本文部科学省提出，旨在推进国内顶尖大学向国际化进军的资金资助计划。该计划包含两类高校：A类（顶尖型）大学和B类（国际化牵引型）大学。
指定国立大学
日本政府为了进一步提高科研水平和创新能力，从2016年开始执行的科教政策，评选出具有世界最高水平的教育科研能力的成员大学。
日本G30大学
日本文部科学省于2009年开展的英文授课项目，参与该项目的13所日本一流大学。
环太平洋大学联盟（APRU）
由环太平洋地区各国顶级大学组成的联合学术组织，包括7所日本会员大学。
东亚研究型大学协会
由东亚地区中国（大陆、香港、台湾）、日本、韩国的一流研究型大学组成的高校联盟。
东京六大学棒球联盟
由六所位于日本东京都的大学所属棒球部构成的大学棒球联盟。
九州六大学棒球联盟
由九州地区的六所大学组成的棒球联盟。
旧制三大商科大学
由一桥大学、神户大学、大阪市立大学组成。
旧制六大医科大学
由新潟大学、冈山大学、千叶大学、金泽大学、长崎大学和熊本大学组成。
这些联盟组织反映了日本各大学的学术能力与社会地位，并促进了成员大学之间的教育研究合作与学生交流。