东京大学共有三个主要校区：
本乡校区：
位于东京都文京区，由本乡、弥生、浅野三个小校区组成，包含综合图书馆、日本语教育中心等设施。
驹场校区：
位于东京都目黑区，分为三个小校区，拥有教学楼、研究大楼等设施，如驹场卓越教育中心、驹场国际教育研究大楼（KIBER）等。
柏校区：
位于千叶县柏市，是2000年投入使用的新校区，旨在实现“学术融合”，设有多个高级研究所和研究中心。
此外，东京大学还设有多个研究生院、附属研究所和研究中心，以及丰富的学部专业，如文学部、教育学部、法学部、经济学部、理学部、工学部、农学部、医学部、药学部和综合文化研究科等