我国高等学校专业设置的指导思想主要包括以下几点：
遵循经济社会发展需要和人才培养的规律：
专业设置既要适应社会、经济的发展对人才需求的数量、类型、质量、规格上的变化，又要遵循教育的内部规律，符合学科发展趋势和人才培养规律，注意人才培养的超前性，注重专业设置与调整的社会效益和经济效益。
适应学科、专业本身发展变化的需要：
学科是专业设置的基础，专业的内容和发展方向要与学科的形成、发展、变化相适应。致力于培养宽知识面的人才是专业设置与调整的必然趋势。
从实际出发，随时调整专业结构：
根据经济结构的变化和专业发展趋势，及时调整专业知识结构，淡化专业界限；并利用新理论、新技术不断更新专业内容，及时反映学科发展的前沿和经济、科技进展的水平。
专业范围覆盖面较宽广：
拓宽专业口径，增强人才适应性是当前专业改造的主要方向。
专业设置布局的合理性：
人才培养的长周期性和迟效性要求专业设置的布局应在人才预测的基础上做出整体规划，注意在全国范围内合理、统一地布局。
适合学校的办学条件：
高校在专业设置上，要力求稳定，避免频繁变动，影响专业的建设，同时又要适应经济、科技和社会发展的需要，及时根据本校办学的实际条件进行合理的专业调整、充实和提高。
此外，还有一些高校根据自身特色提出了具体的专业建设指导思想，例如：
“以本为本”的教学理念：遵循现代高等教育发展规律，确立“以德为先、基础为本、能力为重、应用为实”的专业建设指导思想。以德为先，即把培养学生的道德修养和良好的思想品质放在专业知识传授之首位；基础为本，即以扎实的专业基础教育作为学生立业之根本；能力为重，即注重培养学生的综合素质和分析问题、解决问题的能力；应用为实，即强调专业知识的实际应用能力。
以学科建设为基础，以社会需求为导向，以课程建设为核心：专业建设应立足于学科建设，紧密结合社会需求，并以课程建设为核心，全面提升学生的综合素质和专业能力。
这些指导思想体现了我国高等教育在专业设置方面的全面、协调、可持续的发展理念，旨在培养适应社会经济发展需求的高素质人才。