日本最好的隐藏大学排名如下：
首都大学东京
简称“首都大”，是东京都唯一的公立综合性大学。
2013年英国泰晤士高等教育世界排名中位于第7位，2014年QS世界大学排名中位于第15位，2016-2017年英国泰晤士高等教育世界排名中位于第9位。
东京工业大学
日本国内最好的理工科大学，世界一流的理工科大学。
2018年QS世界大学排名第28位，2018年QS亚洲大学排名第13位。
一桥大学
位于东京，专注于人文社会科学的小规模精英大学。
在商科专业方面，一桥大学不输给早稻田大学。
青山学院大学
连续2年排名第一，校风、氛围好。
明治大学
设有国际日本学部、综合数理学部等个性学部。
名城大学
新设了外国语学部，在东海地区排名第一。
关西大学
跨文理共设有13个学部，关西地区排名第一。
上智大学
拥有国际感，关东地区排名第一。
东京外国语大学
拥有国际感，关东地区排名第二。
同志社大学
日本第三古老的大学，入学的准易程度和偏差值位于日本私立大学的前端。
以上排名基于不同时间点的数据，排名情况可能会有所变动。您可以根据最新的排名信息进行参考。