日本长崎大学提供多个学科的专业教育，其中包括但不限于以下几个学部：
教育学部：包含教育学科、社会科、数学科、理科、音乐科、美术科、保健体育科、工业技术科、家庭学科、英语科、教育学、教育心理学等。
经济学部：包括经济学科、地域政策学科、流通经营学科等。
医学部：涵盖医学科等医学相关专业。
齿学部：提供齿学科等专业。
药学部：包含药学科、制药化学科等。
工学部：包括机械工程学科、电气工程学科、电子工程学科、结构工程学科、土木工程学科、材料工程学科、工业化学科等。
水产学部：提供水产学科等专业。
此外，长崎大学还有针对大学院（研究生）的专业设置，如教育学研究科、经济学研究科、工学研究科等，提供硕士和博士阶段的专业课程。