在林芝地区，最好的大学及其王牌专业如下：
西藏民族大学
王牌专业：学前教育、汉语言文学、新闻学、会计学、体育教育、法学、英语、财政学、民族学、思想政治教育、行政管理、信息管理与信息系统、临床医学、教育学、计算机科学与技术、哲学、社会工作、小学教育、历史学、统计学、数字媒体技术、土木工程、护理学、档案学、旅游管理等。
西藏农牧学院
王牌专业：农学、林学、电气工程及其自动化、水利水电工程、动物科学、食品科学与工程、园林、草业科学、生物技术、植物保护、动物医学、农业资源与环境、水土保持与荒漠化防治、土木工程、生态学等。
西藏藏医药大学
王牌专业：藏医药学。
综上所述，西藏民族大学在多个学科领域都有较强的实力，而西藏农牧学院在农林牧等学科方面具有明显优势，特别是兽医学专业备受推荐。西藏藏医药大学则专注于民族传统医药领域，专业性强。根据个人兴趣和职业规划，可以选择适合自己的专业报考。