新疆的中医专业设置较为全面，以下是新疆医科大学开设的中医相关专业：
1. 中医学
2. 中西医临床医学
3. 针灸推拿学
4. 中医学（运动康复与健康）
5. 中药学
6. 中医护理学
7. 维吾尔医学
8. 哈萨克医学
新疆医科大学还设有以下重点学科：
国家中医药管理局重点学科：中维西医结合临床、中医骨伤科学、中医各家学说、中医皮肤病学、中医老年病学、临床中药学、中医络病学（培育）、中医文化学（培育）
自治区级重点学科：内科学、外科学、妇产科学、影像医学与核医学、麻醉学、病原生物学、中西医结合临床、生药学、药理学、肿瘤学、中医方剂学（培育）
新疆医科大学在中医教育方面有着较好的声誉，毕业生就业率较高。