南京工程学院的专业设置可能会随时间有所变动，以下是一些目前南京工程学院的专业列表，但请注意，最终的专业设置应以学校最新公布的数据为准：
1. 物流管理
2. 社会工作
3. 会计学
4. 国际经济与贸易
5. 财务管理
6. 市场营销
7. 英语
8. 商务英语
9. 智能制造工程
10. 智能建造
11. 机械设计制造及其自动化（数控加工与维修）
12. 环境工程
13. 电气工程与智能控制
14. 软件工程
15. 车辆工程（含节能与新能源汽车和城市轨道车辆两个专业模块）
16. 网络工程
17. 能源与动力工程
18. 工业设计
19. 电子信息科学与技术
20. 复合材料与工程
21. 城市地下空间工程
22. 测控技术与仪器
23. 机械电子工程
24. 工程管理
25. 工程造价
26. 信息管理与信息系统
27. 大数据管理与应用
28. 数学与应用数学
29. 工业工程
30. 过程装备与控制工程
31. 交通设备与控制工程
32. 汽车服务工程
33. 交通运输
34. 材料科学与工程
35. 材料成型及控制工程
36. 焊接技术与工程
37. 金属材料工程
38. 高分子材料与工程
39. 功能材料
40. 自动化
41. 机器人工程
42. 智能电网信息工程
43. 电子信息工程
44. 产品设计
45. 热能与动力工程
建议：
填报专业前，请务必查看南京工程学院官方网站或其他可靠来源的最新专业设置信息，以确保信息的准确性。
某些专业可能具有不同的专业模块或方向，建议详细了解每个专业的具体内容和要求，以便选择最适合自己的专业。