南通大学的热门专业排名如下：
临床医学：
投档线为578分，拥有悠久历史和良好教学资源，毕业生就业前景广阔。
电气工程及其自动化：
投档线为557分，是国家级特色专业，享有较高声誉。
儿科学：
投档线为557分。
机械设计制造及其自动化：
投档线为554分。
生物技术：
投档线为548分。
化学（师范）：
投档线为547分。
土木工程：
投档线为546分。
交通工程：
投档线为546分。
医学检验技术：
投档线为543分。
教育技术学（师范）：
投档线为542分。
此外，南通大学还有多个王牌专业和一流本科专业，包括英语、预防医学、电子信息工程、机械工程、自动化、计算机科学与技术等。
请注意，以上信息以最新公布为准，具体排名可能会根据不同的评价标准和时间有所变化。