墨脱县目前有以下几所大学和研究机构在该地区开展了合作或设立了基地：
华南农业大学：
华南农业大学在墨脱县建立了“华南农业大学——西藏墨脱永根科技站”，并与墨脱县联合培养研究生。
西藏大学：
西藏大学参与了墨脱县的生物多样性调查和研究工作。
浙江大学：
浙江大学与墨脱县合作，聚焦生物多样性本底调查，并在墨脱县建立了野外科学观测站。
西南大学：
西南大学有专家学者参与了墨脱县的生物多样性研究。
深圳大学：
深圳大学的专家学者参与了墨脱县的生物多样性调查。
清华大学：
清华大学在墨脱县开展了实践支队活动，并进行了成果汇报。
上海交通大学：
上海交通大学也在墨脱县开展了实践支队活动。
西藏自治区高原生物研究所：
该研究所与墨脱县政府共同组建了墨脱生物多样性西藏自治区野外科学观测站。
这些合作表明墨脱县在教育和科研领域得到了外界的支持和关注，特别是在生物多样性研究和生态环境保护方面