荆州地区排名前三的部级大学如下：
长江大学：
位于湖北省荆州市，是一所重点建设的骨干高校，属于国家“中西部高校基础能力建设工程”高校，同时也是湖北省人民政府与中国石油天然气集团公司、中国石油化工集团公司、中国海洋石油总公司共建高校，以及湖北省人民政府与中华人民共和国农业农村部共建高校。
荆州学院：
前身为长江大学工程技术学院，是一所全日制普通本科教育为主的应用型本科院校，属于民办理工类高校。
长江大学文理学院：
由长江大学举办的全日制普通高等学校，属于独立学院。
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