大学地理系面临的难题主要包括：
教育资源分配不均：
不同地区或学校之间在地理教育资源上可能存在较大差异。
课程设置不合理：
课程内容可能未能充分覆盖地理学的各个方面，或者与行业需求脱节。
实践教学不足：
地理学科需要大量的实地考察和野外实习，但实践教学环节可能因资源或时间限制而不足。
学科交叉融合：
地理学与其他学科如环境科学、生态学、城市规划等的交叉融合越来越明显，这对地理教育提出了更高的要求。
学科布局不合理：
部分高校地理教育学科专业群可能存在重复建设、资源浪费等问题，需要优化学科布局。
科研成果丰硕但应用不足：
虽然地理学研究可能取得了很多成果，但在将科研成果转化为实际应用方面可能存在挑战。
理论与实践的结合：
地理学的理论知识需要在实践中得到验证和应用，这对学生和老师都是一个挑战。
地理综合研究难题：
地理综合是将地理要素综合起来进行研究的过程，这需要融合还原论与整体论的方法，是地理学研究的长期难题。
教学内容与实际应用脱节：
一些教学题目可能过于理论化，缺乏实际应用价值，不利于学生理解和应用地理知识。
新技术应用：
如遥感（RS）和地理信息系统（GIS）等新技术在地理学中的应用需要进一步普及和深化。
以上是大学地理系面临的一些主要难题。