当前自然指数50强大学排名如下：
1. 哈佛大学 （Harvard University）
2. 中国科学院大学 （University of Chinese Academy of Sciences）
3. 中国科学技术大学 （University of Science and Technology of China）
4. 浙江大学 （Zhejiang University）
5. 北京大学 （Peking University）
6. 南京大学 （Nanjing University）
7. 清华大学 （Tsinghua University）
8. 上海交通大学 （Shanghai Jiao Tong University）
9. 中山大学 （Sun Yat-sen University）
10. 复旦大学 （Fudan University）
11. 四川大学 （Sichuan University）
12. 南开大学 （Nankai University）
13. 华中科技大学 （Huazhong University of Science and Technology）
14. 武汉大学 （Wuhan University）
15. 山东大学 （Shandong University）
16. 吉林大学 （Jilin University）
17. 南方科技大学 （Southern University of Science and Technology）
18. 厦门大学 （Xiamen University）
19. 苏州大学 （Soochow University）
20. 中南大学 （Central South University）
21. 天津大学 （Tianjin University）
22. 西安交通大学 （Xi'an Jiaotong University）
23. 同济大学 （Tongji University）
24. 华南理工大学 （South China University of Technology）
25. 湖南大学 （Hunan University）
以上排名根据最新发布的自然指数数据整理得出，排名可能会随着时间和新的数据发布有所变动。