当前，原卫生部直属的医科大学中，仍有部分保持独立办学，而其他一些已经并入其他综合性大学。以下是部分原卫生部直属的医科大学及其现状：
北京协和医学院：
现为独立法人，与清华大学合作招生，综合实力多次排名全国第一。
中国医科大学：
继续由卫健委坚持独立办学。
北京大学医学部：
原北京医科大学并入北京大学后形成。
复旦大学上海医学院：
原上海医科大学并入复旦大学后形成。
四川大学华西医学中心：
原华西医科大学并入四川大学后形成。
上海交通大学医学院：
原上海医科大学并入复旦大学后，其医学院部分可能保留或与其他学院合并。
浙江大学医学院 、 南京大学医学院、 中山大学医学院、 华中科技大学同济医学院、 武汉大学医学院：
这些院校的医学部分可能已经与当地综合性大学合并。
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