武汉工程大学设有多个学院，以下是部分学院的列表：
1. 机械与自动化学院
2. 电气与电子工程学院
3. 计算机科学与技术学院
4. 土木工程学院
5. 环境科学与工程学院
6. 化学化工与生物工程学院
7. 材料科学与工程学院
8. 资源与安全工程学院
9. 建筑与城市规划学院
10. 经济与管理学院
11. 外国语学院
12. 艺术设计学院
13. 体育部
14. 马克思主义学院
15. 继续教育学院
16. 国际教育交流中心
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