日本有许多大学联盟，这些联盟反映了日本各大学的学术能力和社会地位。以下是一些主要的日本大学联盟：
学术研究恳谈会（RU11）
组成：由11所顶尖研究型国立大学和私立大学组成。
成员：包括北海道大学、东北大学、东京大学、京都大学、大阪大学、名古屋大学、九州大学、早稻田大学、庆应义塾大学、东京工业大学和筑波大学。
八大学工学系联合会
组成：由日本在工学和工程技术方面顶尖的八所著名高校组成。
成员：包括北海道大学、东北大学、东京大学、东京工业大学、名古屋大学、京都大学、大阪大学和九州大学。
超级国际化大学计划
组成：日本文部科学省于2014年提出的资金资助计划，旨在推进顶尖大学国际化。
成员：包括A类（顶尖型）大学和B类（国际化牵引型）大学，其中A类包括东京大学等13所大学，B类包括千叶大学等24所大学。
指定国立大学
组成：日本政府为了提高科研水平和创新能力而选出的具有世界最高水平教育科研能力的国立大学。
成员：包括东京大学、东北大学、京都大学、名古屋大学、东京工业大学和大阪大学等6所大学。
日本G30（Global 30）
组成：日本文部科学省于2009年开展的英文授课项目，参与该项目的13所日本一流大学。
环太平洋大学联盟（APRU）
组成：环太平洋地区各国顶级大学组成的联合学术组织。
成员：包括7所日本会员大学，如东京大学、名古屋大学、庆应义塾大学等。
东亚研究型大学协会
组成：东亚地区中国（大陆、香港、台湾）、日本、韩国的一流研究型大学组成的高校联盟。
成员：包括京都大学、大阪大学、东北大学、东京工业大学、筑波大学等日本高校。
这些联盟组织在促进成员大学之间的教育研究合作、学生交流等方面发挥着重要作用。