喀什大学的王牌专业包括 师范类专业、 学前教育、 中国少数民族语言文学、 数学与应用数学、 艺术设计学、 生物科学、 物理学、 思想政治教育、 化学、 土木工程和 食品科学与工程等。这些专业在国家级和自治区级的一流本科专业建设点中均有所体现，且被认为是喀什大学最好的一些专业。
建议您根据个人兴趣和职业规划，从上述专业中挑选适合自己的专业。师范类专业（如小学教育、学前教育）由于喀什大学的前身是喀什师范学院，有着深厚的师范教育传统，因此这些专业备受认可。同时，如果您对少数民族文化或理工科感兴趣，那么中国少数民族语言文学、数学与应用数学、生物科学、物理学、化学等专业也是非常好的选择。