中华全国供销合作总社曾经直接管理的大学包括山西财经大学和安徽财经大学。这两所大学在历史上曾经是供销社系统教育的重要组成部分，并且随着时间的发展，它们已经逐步独立，转型为国内具有较高影响力的财经类高校。
然而，需要注意的是，根据提供的信息，山西财经大学和安徽财经大学在2000年根据院校调整意见被划归教育部管辖，不再是中华全国供销合作总社的直属高校，而是成为了省属高校。
至于当前供销总社所属的大学，根据提供的信息，部分省一级的供销总社还拥有自己的直属高校，例如广西经贸职业技术学院、湖南商务职业技术学院和江苏商贸职业学院。这些学校分别位于不同的省份，并且具有各自的特色和优势专业