清华大学包含多个学院和科研机构，以下是一些例子：
学院
建筑学院：包括清华大学建筑与城市研究所、清华大学中国新型城镇化研究院等。
土木工程系：清华大学交通研究所等。
环境学院：清华大学环境科学与工程研究院、清华大学持久性有机污染物研究中心等。
精密仪器与机械学系：清华大学相关实验室和研究中心。
信息科学技术学院：包括清华信息科学与技术国家实验室等。
生命科学学院：清华大学相关实验室和研究中心。
公共管理学院：清华大学相关研究中心和实验室。
经济管理学院：清华大学相关研究中心和实验室。
社会科学学院：清华大学相关研究中心和实验室。
人文学院：清华大学相关研究中心和实验室。
法学院：清华大学相关研究中心和实验室。
新闻与传播学院：清华大学相关研究中心和实验室。
美术学院：清华大学相关研究中心和实验室。
医学院/北京协和医学院-清华大学医学部：包括清华大学基础医学院、生物医学工程学院等。
科研机构
国家研究中心：北京信息科学与技术国家研究中心。
国家重大科技基础设施：包括国家蛋白质科学基础设施（北京基地）等。
国家大型科学仪器中心：北京电子显微镜中心、北京电子能谱中心等。
清华大学还有诸如清华控股有限公司、清华紫光股份公司、清华同方股份公司等校办企业，以及各类研究中心和实验室。
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