重庆的教育部直属本科院校有以下两所：
重庆大学（Chongqing University，CQU）
简称：重大
级别：副部级全国重点大学
共建：教育部和重庆市共同建设
排名："世界一流大学建设高校（A类）"、"211工程"、"985工程"
特色：涵盖理、工、经、管、法、文、史、哲、医、教育、艺术11个学科门类
西南大学（Southwest University）
简称：西大
级别：全国重点大学
共建：教育部和重庆市共同建设
排名："211工程"
特色：溯源于1906年建立的川东师范学堂，合并了原西南师范大学和原西南农业大学
这两所大学都是国家"双一流"（A类）建设高校，并且是重庆地区最重要的高等教育机构