慕尼黑大学由多个学院组成，涵盖了广泛的学科领域。以下是慕尼黑大学的主要院系设置：
1. 天主教神学院
2. 基督教神学院
3. 法学院
4. 企业经济学院
5. 国民经济学院
6. 医学院
7. 牙医学院
8. 兽医学院
9. 历史及艺术学院
10. 哲学、科学理论及宗教学院
11. 心理学及教育学院
12. 文化学院
13. 语言学院
14. 文学院
15. 社会学院
16. 数学、信息学及统计学院
17. 物理学院
18. 化学及药学院
19. 生物学院
20. 地质学院
这些学院中又细分为多个研究所，以及为医学院实习用的诊所。慕尼黑大学在社会科学、人文科学、物理、化学、医学、数学、计算机科学等领域享有国际声誉，是一所综合性强、专业设置全面的大学