清华大学本部目前包含的院系有：
1. 建筑学院
2. 土木水利学院
3. 环境学院
4. 机械工程学院
5. 航天航空学院
6. 信息科学技术学院
7. 理学院
8. 经济管理学院
9. 公共管理学院
10. 马克思主义学院
11. 医学院/北京协和医学院-清华大学医学部
12. 法学院
13. 新闻与传播学院
14. 五道口金融学院
15. 美术学院
16. 生命科学学院
17. 材料学院
18. 临床医学院
19. 药学院
20. 体育部
21. 电机工程与应用电子技术系
22. 工程物理系
23. 化学工程系
24. 继续教育学院
25. 深圳研究生院
26. 苏世民书院
27. 全球创新学院
28. 新雅书院
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