国内有几所大学与哈佛大学有合作关系，其中包括但不限于：
清华大学：
清华大学是中国顶尖的综合性研究型大学，与哈佛大学有着学生交换项目。
北京大学：
北京大学同样是中国顶尖的学府，与哈佛大学有学生交换生项目。
复旦大学：
复旦大学是中国著名的综合性大学，学生也有机会与哈佛大学进行短期交流。
上海交通大学：
上海交通大学是中国一流的工科大学，与哈佛大学有学生交换项目。
南开大学：
南开大学与哈佛大学有交换生项目。
香港大学：
香港大学也与哈佛大学有交换生项目。
中国科学技术大学 、 浙江大学：
这些学校的学生也有机会与哈佛大学进行短期交流。
此外，虽然哈尔滨佛学院的简称是“哈佛”，但它是一所佛教中等院校，与哈佛大学的合作关系并不存在。