南沙区拥有多所高等教育机构，以下是部分知名的大学：
广东外语外贸大学- 以商务英语为主，辅以经济、外语、管理和文化等多科性大学，是国家“211工程”重点建设的大学之一。
中山大学南沙校区- 中山大学的主体校区之一，也是国家“211工程”重点建设的大学，位于南沙的主要分校。
广州大学南沙校区- 广州大学的一个校区，提供多种学科的教育。
香港科技大学（广州）- 与香港科技大学合作设立，位于南沙区高铁庆盛站旁，2023年开始招收本科生。
中国科学院大学广州校区- 提供高端科研和教育的机构。
广州海洋大学研究生院- 专注于海洋科学的高等教育机构。
牛津大学（广州）创新发展中心- 牛津大学在广州的分支机构，进行创新研究和教育。
上海海事大学粤港澳大湾区供应链研究院- 专注于供应链领域的研究和教育。
这些大学提供了丰富的学术资源和教育机会，涵盖了从本科到研究生等不同教育层次。